Единственным источником знания о вере, таким образом, осталось Свщ. Писание, для реформаторов оно было также и точкой опоры в борьбе с Римом, авторитету папской власти был противопоставлен авторитет общедоступный, неиерархический — Слово Божие.

Разрешив доступ к Свщ. Писанию, отцы Реформации надеялась, что никто не будет выходить за его пределы. Однако уже вскоре выяснилось, что надежды на внутреннее единство библейского свидетельства оказались слишком наивными, а отсутствие критериев толкования его текста заканчивается религиозным произволом. Насколько серьезной была эта опасность свидетельствует сам Лютер в письме к Цвингли: "Если мир еще долго будет существовать, то я возвещаю, что при различных толкованиях Писания, которые находятся у нас, не остается другого средства поддержать единство веры, как принять решения Соборов и прибегнуть под защиту церковной власти." Если католическая традиция все-таки уходила своими корнями в прошлое, связывая человека с предыдущим опытом Богообщения, то после Реформации каждый ее последователь был вынужден развивать свой собственный опыт общения с Богом, теряя при этом любые критерии правомерности такого опыта.

Теперь Реформации так же как католичеству после Великого раскола нужен был собственный сдерживающий авторитет. Необходимость ограничить вероучительный произвол привела к возникновению так называемых символических книг протестантизма, под именем которых фактически скрывается его собственное предание, второй основной источник протестантского вероучения. Каждое протестантское направление имеет свои символические книги, но сам факт их существования противоречит изначальному принципу Реформации — sola Scriptura.

Это противоречие отражают уже ранние символические книги германской Реформации. Например, "Формула согласия" провозглашает, что "одно Свщ. Писание следует признавать критерием, нормой и правилом веры, символы же авторитетного значения в делах веры не имеют, а только служат свидетельством о нашей вере." Но, с другой стороны, та же "Формула согласия" предписывает, что "символами должно проверять все другие книги относительно того, правильно ли и согласно ли со словом Божиим излагаются в них христианские догматы" и определяет, что символы содержат учение, которое "существовало и навсегда должно существовать в Церкви."

Учение Реформации о Церкви является совокупным выражением ее основных принципов. В нем мы, прежде всего, можем наблюдать влияние учения о спасении верой. Акт веры, как выражение личностного, субъективного религиозного опыта, в котором человек обращался к Богу напрямую, минуя всех посредников, необходимо привел к отказу от благодатного посредничества Церкви и ее таинств. Другой постулат Рефорации — sola Scriptura отвергал ее вероучительное посредничество, утверждая право каждого христианина на собственное истолкование истин Свщ. Писания. Если Католическая Церковь воздвигала между человеком и Богом иерархически организованный посреднический аппарат — знаменитую католическую пирамиду, то вожди Реформации не нашли ничего лучшего как просто избавиться от него, оставив человека наедине с Богом. Церковь не может быть посредницей в Богообщении верных, ибо все они, имея единственного Ходатая Иисуса Христа, научены от Него, освящаются непосредственно Его Духом, и каждый верующий непосредственно связан со Христом своей верой.

Исторически протестантский взгляд на Церковь развился как реакция на существенные недостатки католической экклезиологии, в которой преобладало представление о Церкви, как об идеологическом сообществе; было угнетено духовное начало, бытие таинств, претворяющее это общество в Тело Христово. Земному, видимому образу Церкви Реформация противопоставила неземной и невидимый. По словам самого Лютера: "Святая христианская Церковь говорит: верую во святую христианскую Церковь, а Церковь папская говорит: вижу христианскую Церковь. Та говорит: "Церковь ни здесь, ни там" — а эта говорит: "Церковь здесь-то и там-то."

Это стремление к духовному образу Церкви было вполне естественным и оправданным. Реформация попыталась восстановить ущербность духовного начала католической церковности, но ложно определила природу этого духовного начала. Вместо Церкви, совершающейся в таинствах, Реформация утвердила образ церкви, совершающейся верой каждого из ее верных. Отрешившись от земного образа Церкви, как видимого сообщества, Лютер обратился не к небесному, сакраментальному началу церковной жизни, а заменил католическую крайность на противоположную — вместо опыта земного сообщества он утвердил основой церковности религиозный опыт отдельной личности.

Объективированному земному образу Церкви в католичестве, Реформация противопоставила субъективное начало веры, и человек "состоя из двух природ, тела и души, … не по телу, которое совершает те или другие дела считается членом христианства, а по душе, т. е. по вере," т. е. человек входит в Церковь и пребывает в ней не по благодатному действию ее таинств, а по своей вере. "Для единства церкви не нужны человеческие установления … оправдание, приходящее чрез веру, не связывается внешними церемониями." Церковь существует не потому, что в ней совершаются таинства, а потому что веруют ее верные, она есть "духовное собрание душ в одной вере." Оправдывающая вера сообщает церкви ее неотъемлемое качество святости, ибо принявшие дар веры освящаются ею, наделяя своей святостью саму невидимую церковь.

Второй общехристианской проблемой, которую пыталась и не смогла решить Реформация, была проблема греховности в Церкви. Вся история христианства и христианского Средневековья в особенности, свидетельствовала о том, что Церковь часто наполняют люди недостойные, которые своими грехами разрушают ее святость. Как можно примирить греховность земного бытия Церкви с ее Божественным происхождением и призванием? Отцы Реформации попыталась отделить праведных от грешников учением о невидимой Церкви. В среде тех, кто называют себя христианами и образуют видимую Церковь, незримо пребывает истинная Церковь, к которой принадлежат истинно верующие и оправданные этой верой праведники. "Лицемеры и злые (т. е. грешники) также могут быть членами церкви по внешнему общению," но они не принадлежат к ней внутренне, по ее существу, т. е. церковь святых всегда невидимо отделяет себя от временно пребывающих в ней грешников, но это отделение явно обнаружится только на Страшном суде. Подобно тому как вера есть начало внутреннее и невидимое, соответственно и Церковь, к которой человек присоединяется через веру, должна стать невидимой, неподвластной внешним проявлениям. Эта подлинная Церковь невидима и, будучи основана только на вере, она сама становится предметом веры. По воззрениям отцов Реформации эта истинная невидимая Церковь во все времена пребывала в пределах зримой Церкви, и "Церковь невидимая заключается в видимой как душа в теле," но зримо она проявилась в мире в эпоху Реформации. В этом определении духовной и невидимой сущности Церкви Лютер прямо соотносит ее с Царством Божиим, о котором говорил Спаситель.