К 1910 году архитектурный облик обители сложился окончательно. Были построены два жилых здания для братии, в одном из которых устроили домовую церковь в честь Благовещения Пресвятой Богородицы. При обители открыли церковно-приходскую школу. В 1917 году в киновии жили 25 монахов и 122 послушника.

В годы Гражданской войны монастырь поддержал белую армию барона Врангеля. После установления Советской власти в Крыму земли монастыря были национализированы и переданы трудовой артели деревни Инкерман, куда вошли и монахи. С 1920 года все монастырские храмы становятся приходскими. Но денег у общины не хватало, чтобы поддерживать все храмы. В 1925 году Инкерманская община отказалась от пяти церквей, оставив себе пещерный храм во имя святого Климента и домовую Троицкую церковь, но и они просуществовали недолго. В 1926 году Севастопольским райисполкомом было принято решение о закрытии Георгиевского и Инкерманского монастырей. Храмы и церковное имущество перешли в ведение Севастопольского музейного объединения. В 1927 году сильное землетрясение повредило здания собора святого Николая и Благовещенской церкви. В том же году разобрали часовню на могиле воинов, погибших в Инкерманском сражении. В 1928 году закрыли храм иконы «Всех скорбящих Радость». В 1932 году уничтожили собор святого Николая.

Во время Великой Отечественной войны в пещерах монастыря разместился штаб 25-й Чапаевской дивизии Приморской армии.

Возрождение Инкерманского Свято-Климентовского монастыря началось в 1991 году. Основные помещения монастыря – пещерные, высечены в западном обрыве Монастырской скалы, на плато которой сохранились руины средневековой крепости Каламита, основанной в VI в. В 1475 году она была захвачена турками и переименована в Инкерман. Отдельные пещерные церкви и отшельнические кельи Инкермана являются наиболее древними среди прочих христианских пещерных сооружений Крыма.

Cвятыни: частица мощей от честной главы священномученика Климента, переданная из Киева; рака со святыми мощами установлена в боковом нефе Свято-Климентовского храма.

Украина, Крым, г. Алушта, заповедник.

В Крыму, у подножья Чатырдага по дну ущелья течет ручей, образуемый многочисленными родниками. Главный из них – источник святых бессребреников и чудотворцев Космы и Дамиана. Возможно, что во время преследования христиан в этом ущелье был храм в честь святых Космы и Дамиана. В средневековье христиане Крыма часто возводили церкви в укромных местах вблизи источников. После выселения христиан из Крыма в Приазовье в 1778 году, когда на полуострове опустели более 80 населенных пунктов, храмы были брошены на произвол судьбы, многие разрушены. Есть сведения, что в мариупольской церкви Рождества Богородицы хранилась особо чтимая икона святых Космы и Дамиана, написанная на доске. В Крыму она находилась там, где в середине XIX в. была открыта Космодамиановская киновия.

Братья-близнецы Косма и Дамиан, жившие во второй половине III в. н. э., во время жестоких гонений на христианство, были врачами. За добрые дела и распространение Христовой веры они получили дар чудотворства и часто исцеляли больных людей и животных без лекарств, одной лишь молитвой, делая это всегда бесплатно, отчего и причислены православной церковью к лику святых. Косма и Дамиан были убиты своим учителем-врачом, завидовавшим их славе и искусству, и похоронены убийцей в горах, при источнике. Среди крымских татар существовало верование, что святые были убиты и похоронены немного выше целебного источника, возле двух одинаковых буковых деревьев, похожих друг на друга как братья-близнецы. После омовения в источнике крымские татары всегда поднимались на гору к этим двум деревьям, служившим, по их мнению, надгробным памятником святым.

Случаев чудесного исцеления при Космодамиановском источнике было немало. К нему привозили больных независимо от вероисповедания. В 20-х годах XIX в. на средства графини Софии Потоцкой у источника был построен сарай для богомольцев.

Указом Святейшего Синода от мая 1850 года было разрешено открытие Бахчисарайского скита с киновиями; в том числе и киновии у источника святых Космы и Дамиана. После окончания Крымской войны, в 1856 году из Бахчисарайского Успенского скита был направлен первый строитель киновии иеромонах Макарий, возведенный впоследствии в сан игумена. Началось сооружение малой деревянной церкви. Многие жители Симферополя помогали своими пожертвованиями. Через год церковь была уже готова к освящению. Впоследствии первая монастырская церковь была разобрана, а на ее месте в 1869 году на средства доброхотных жертвователей была построена новая, также во имя святых бессребреников. Среди икон Космодамиановской церкви была особая святыня – храмовая икона святых Космы и Дамиана с частицами их мощей. Сами мощи братьев-бессребреников хранятся в Риме, в церкви, освященной в их честь.

В 1874 году на средства добровольных жертвователей была построена вторая монастырская церковь во имя Преображения Господня, деревянная, теплая, с двухъярусным иконостасом.

Строительство монастыря продолжалось. В 1891 году над источником вместо первой деревянной часовни была построена каменная до оконных рам, под железной крышей. В часовне имелись образа Христа Спасителя, Божьей Матери и святых бессребреников Космы и Дамиана. В центре часовни, возвышаясь над полом, располагался небольшой каменный резервуар, в который был заключен источник. Наполняя резервуар, вода стекала в большой деревянный бассейн, находившийся в закрытом помещении и служивший купальней для богомольцев. Купальня разделялась на две половины – мужскую и женскую. В часовне, из самого источника, брали воду для питья.

Космодамиановский монастырь был мужским с 1856 по 1899 год. Преемники отца Макария мало заботились о благоустройстве обители. В монастыре не только не возводились новые постройки, но и не ремонтировались существующие. В июле 1899 года епархиальным начальством был получен указ Святейшего Синода о преобразовании монастыря в женский. Из Топловского Параскевиевского женского монастыря была переведена в Космодамиановский благочинная матушка Варсонофия, назначенная игуменией. Двадцать пять насельниц во главе с ней переселились в бедную обитель у подножия Чатырдага. Монахов же разместили по другим монастырям Таврической епархии, преимущественно в Херсонесский, Балаклавский Георгиевский и Кизилташский.

Космодамиановская церковь и другие постройки были капитально отремонтированы. Для укрепления террасы, на которой стояла большая церковь, была возведена каменная подпорная стена. Были выстроены несколько новых келий, просфорня, хлебопекарня, мастерская, прачечная, амбар с закромами, сенник на 1000 пудов, две гостиницы на двадцать номеров для приезжих. В 1913 году в честь 300-летия царствования дома Романовых была отреставрирована часовня над источником. Увеличился личный состав монашествующих сестер. Всюду соблюдалась безукоризненная чистота, бедным богомольцам пища отпускалась бесплатно. Монахини сами шили церковные облачения, одежду и обувь для сестер. Некоторые учились ткать ковры, вышивать и плести кружева.